Ο Άγιος Αθανάσιος, είναι η μεγαλύτερη προσφυγική κωμόπολη του Ν. Θεσσαλονίκης. Βρίσκεται 20 χιλιόμετρα δυτικά της Θεσ/νίκης. Είναι χτισμένος πάνω στον οδικό άξονα της παλιάς εθνικής οδού Θεσ/νίκης Αθηνών.

Ιδρύθηκε από πρόσφυγες 25 χωριών της Ανατολικής Θράκης και 7 της Μικράς Ασίας, από την περιοχή της Σμύρνης. Η εγκατάσταση των προσφύγων, που έγινε στο αγρόκτημα (τσιφλίκι) Βαρδάρ Καβακλή εκτάσεως 26.000 στρεμμάτων, άρχισε τον Οκτώβρη του 1922 και συνεχίστηκε μέχρι το 1924. Το τσιφλίκι ανήκε σε τούρκο αξιωματούχο και το καλλιεργούσαν χριστιανοί κολίγοι. Με την απελευθέρωση της Μακεδονίας το 1912-13, το τσιφλίκι περιήλθε στον ισραηλίτη Μαλλάχ. Αυτός απασχολούσε εκεί 10 οικογένειες τουρκόγυφτων, που το εγκατέλειψαν μόλις ήρθαν οι πρώτοι πρόσφυγες. Η τότε κυβέρνηση το απαλλοτρίωσε για να δοθεί στους πρόσφυγες. Σ’ αυτούς επίσης δόθηκαν και άλλα 35.000 στρέμματα από την περιοχή της Σίνδου. Από τον Οκτώβρη του 1922 στην περιοχή αυτή εγκαταστάθηκαν οι πρώτες 25 προσφυγικές οικογένειες και μαζί οι πρώτοι κάτοικοι του νέου οικισμού, που προέρχονταν από το Κερμένι της Ανατολικής Θράκης. Η εγκατάστασή τους έγινε πρόχειρα και προσωρινά στα λιγοστά χαμόσπιτα, στις αποθήκες και στους στάβλους του τσιφλικιού. Από την άνοιξη του 1923 και μέχρι το φθινόπωρο του 1924 εγκαταστάθηκαν κατά μήκος του οδικού άξονα (σημερινή Λεωφόρο Αθηνών) και σε βάθος προς βορρά, περίπου 600 οικογένειες. Το 1924 η περιοχή αυτή ρυμοτομήθηκε και στους πρόσφυγες δόθηκαν οικόπεδα από την Επιτροπή Αποκαταστάσεως Προσφύγων. Στο τέλος του 1924 και στην απογραφή του 1928 ο νέος προσφυγικός οικισμός αριθμούσε 600 περίπου οικογένειες και 2800 κατοίκους.

Το 1994 ο Άγιος Αθανάσιος προάχθηκε σε δήμο και από το 1999 αποτελούσε την έδρα του πρώην Καποδιστριακού Δήμου Αγίου Αθανασίου μαζί με τις πρώην κοινότητες Βαθύλακκου, Γέφυρας, Νέας Αγχίαλου, Νέας Μεσημβρίας, Ξηροχώριου και τον οικισμό Μπαλαίϊκα. Στην απογραφή του 1991 ο Άγιος Αθανάσιος αριθμούσε 5418 κατοίκους, ενώ στην απογραφή του 2001, 4816.Πλέον υπάγεται στο νέο Καλλικρατικό Δήμο Χαλκηδόνος και στην απογραφή του 2011 αριθμούσε 4932 κατοίκους.